南昌起义打响了武装反抗国民党反动派的第一枪，揭开了中国共产党独立领导武装斗争和创建革命军队的序幕。但是，当时党沿袭黄埔军校的旧制，将党组织设在团一级，政治指导员只做宣传教育工作。由于连一级没有党的组织，党的组织难以掌握士兵的动态，因此，团一级即使设置了党的组织也难以掌握部队，如此一来，政治工作便没有群众基础。缺乏党对军队的绝对领导，这为南昌起义后军队接连失败埋下隐患。
  1927年9月9日，毛泽东领导的湘东赣西秋收起义爆发。在接连的失败受挫后，部队士气低落，士兵不断逃亡、军阀习气严重。赖毅曾回忆说：“芦溪受挫后，部队中弥漫着一股消沉的情绪，许多知识分子和军官出身的人，看到失败似乎已成定局，纷纷不告而别。有些小资产阶级出身的共产党员，也在这时背弃了革命，走向叛变或者消极的道路。一营一连的一个排就在排长的唆使下，利用放哨的机会全部逃跑了，并且带走了所有的武器。那时，逃亡变成了公开的事，投机分子互相询问‘你走不走？’‘你准备上哪儿去？’这真是一次严重的考验。” 9月29日上午，起义部队翻越了大山口，来到了重峦叠嶂、没有地方反动武装的山坳里——永新县三湾村。当时，原有5000多人的秋收起义部队仅剩不足1000人和48匹战马。为了巩固这支新生的革命军队，适应革命斗争的需要，毛泽东在到达三湾的当天晚上，就主持召开了前敌委员会议，决定对起义部队进行整顿和改编。
  三湾改编主要完成三部分内容：党指挥军队、党支部建在连上和官兵平等。
  首先，把党的“支部建在连上”，班排建立党小组，营以上各级建立党委，规定党委、支部领导所部。这就使部队上下各级都有了党的领导核心力量，党员能够充分发挥其先锋模范作用，从而保证了党对军队的绝对领导。这个制度后来被称为党委制，是保证党对军队领导的核心制度，一直沿袭至今。
  其次，实行新的党代表制度，以党委、支部的书记担任同级党代表，实行党委、支部领导下的首长分工负责制，彻底告别了以往国民革命军的党代表与军事长官的监督与被监督关系，充分发挥党代表和军事长官密切合作的领导作用。这个制度后来被称为政治委员制度，一直沿袭至今。最后，实行民主制度，在军队内实行民主主义，设士兵委员会，并制定了“三条纪律六项注意”。规定官兵完全平等，官长不得打骂士兵，士兵有开会说话的权力，有政治上、军事上、经济上的民主权力，在部队中确立了官兵同为阶级兄弟的崭新关系。
  1927年9月，在三湾改编时，毛泽东创造性地提出“支部建在连上”的原则，为实现党对军队的领导奠定了组织基础。1932年9月12日，《中国工农红军总政治部关于红军中党的工作训令》中第一次出现了“保障党在红军中的绝对领导”的字句。1938年11月6日，在中共六届六中全会上，毛泽东又在《战争和战略问题》一文中，针对张国焘同党争权的历史教训，指出共产党不争个人兵权，不能学张国焘，但要争党的兵权，争人民的兵权，并形象地将党对军队绝对领导原则表述为“我们的原则是党指挥枪，而决不容许枪指挥党”。
  习近平主席在十二届全国人大一次会议解放军代表团全体会议首次提出“建设一支听党指挥、能打胜仗、作风优良的人民军队”，这是新时代的强军目标，明确了加强国防和军队建设的聚焦点和着力点，这是三湾改编确立的“党领导军队”基本思想在新时代的集中体现。